Øverste organ i Verdipapirfondenes forening (VFF) er generalforsamlingen hvor alle ordinære medlemmer har stemmerett. Generalforsamlingen avholdes årlig innen utgangen av mai måned.
Styret leder foreningens virksomhet, fastsetter kostnadsbudsjett, vedtar samlet medlemskontingent og regler for innkalling av denne, har ansvaret for at generalforsamlingens vedtak blir iverksatt og fører tilsyn med foreningens sekretariat.
Disiplinærutvalget skal behandle de saker som oversendes fra styret og som vedrører forhold der medlemmer av foreningen ikke følger den medlemskontrakt som ble undertegnet ved inngåelse av medlemskap.
Valgkomiteen innstiller til generalforsamlingen på valg av leder, nestleder, styremedlemmer og revisor.
Sekretariatet ledes av administrerende direktør som har ansvaret for den daglige drift.
I tillegg er en stor del av foreningens virksomhet forankret gjennom utvalgsarbeid.
Bransjens næringspolitiske arbeid er adskilt i en egen organisasjon, Verdipapirfondenes forening - Næringspolitikk (VFFN). Alle medlemmer av VFF er automatisk medlemmer av VFFN. VFFN har egne vedtekter som regulerer bransjens næringspolitiske arbeid. VFF og VFFN har hvert sitt styre, men der de samme personene sitter i begge styrer.
